Nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten 1933 begann der NS-Staat massiven Druck auf die Kirchen auszuüben. Christen jüdischer Herkunft wurden durch die Nürnberger Gesetze zu Juden erklärt; die Kirchen sollten von allem "Jüdischen befreit" werden. In den evangelischen Mülheimer Gemeinden entbrannte ein erbittert geführter Kirchenkampf: NS-konforme deutsche Christen kämpften gegen Vertreter der bekennenden Kirche. In der Petrikirche war zu dieser Zeit Pastor Ernst Barnstein Pfarrer.
Fast vierzig Jahre lang betreute er die Mülheimer Gemeinde und setzte sich in der Zeit des Nationalsozialismus sowohl für seine Gemeindemitglieder mit jüdischen Wurzeln als auch für die Mitglieder der jüdischen Gemeinde ein. Ernst Barnstein war Mitglied und Leitfigur der Bekennenden Kirche in Mülheim an der Ruhr. In seinen Predigten prangerte er das NS-Regime und dessen Politik der Judenverfolgung immer wieder an. Als er das amtliche Verbot der Ausbildung von Vikaren missachtete, verhaftete ihn die Gestapo. Nach zehn Tagen Haft im Oberhausener Polizeigefängnis kam er wieder frei.
Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde Ernst Barnstein von der Mülheimer Kreissynode zum Superintendenten gewählt. Dieses Amt übte er von 1946 bis zu seinem Eintritt in den Ruhestand 1961 aus.

Im August 1964 wählte das Presbyterium zum ersten Mal in der Evangelischen Kirche im Rheinland eine Frau als Pastorin auf eine Pfarrstelle, Ruth Wendland (1913-1977 evangelische Pfarrerin und deutsche Widerstandskämpferin gegen das NS-Regime.
Die internationale Holocaust Gedenkstätte Yad Vashem verlieh ihr am 12. August 1975 - und posthum auch ihrer Mutter Agnes - den Ehrentitel Auszeichnung "Gerechte unter den Völkern" für ihr mutiges Eintreten bei der Rettung verfolgter Jüd*innen während der NS-Zeit in Berlin. Seitdem erinnert ein Baum in der Allee der Gerechten der dortigen Gedenkstätte an beide Frauen.

Neben der reformierten Petrikirche wurde an der Delle im 17. Jahrhundert die erste Paulikirche als Kirche der Lutheraner errichtet. Als die Kirche zu klein und die Gemeinde mit rund 5000 Mitgliedern zu groß geworden war, errichtete man um 1881 die zweite Paulikirche. 1971 wurde die Kirche, die im 2. Weltkrieg schwer beschädigt worden war, aus finanziellen Gründen aufgegeben und abgerissen.
 
1969 machte sich die Gemeinde Holthausen von der Altstadtgemeinde selbständig und beschloss den Bau einer „richtigen Kirche“ als Nachfolgerin der alten Paulikirche. Bis zur Indienststellung am 4. Advent 1975 feierte die Gemeinde sechs Jahre Gottesdienst im Gemeindesaal des Gemeindezentrums an der Witthausstraße. Neben der Kapelle im Rumbachtal die in den 1910 errichtet worden war, gab es nun eine moderne, zeitgemäße Kirche in Holthausen.
Auch für die experimentierfreudigen 70er Jahre war deren Grundriss eine Novität. Heute wird sie von Vielen geschätzt wegen ihrer kommunikativen Architektur, die mit den großen Glasflächen nach außen hin Offenheit und Transparenz ausstrahlt und mit ihrer Schlichtheit im Inneren Raum für Transzendenz und Spiritualität eröffnet.

Die Kapelle im Rumbachtal, ein architektonisches Schmuckstück, wurde auf einem 1908 für 3568 Mark von der Altstadtgemeinde erworbenen Grundstück errichtet, um den Menschen im Rumbachtal den weiten Fußweg zur Petrikirche zu ersparen. Die Kapelle wurde 2013 aus finanziellen Gründen geschlossen und verkauft und in ein privates Wohnhaus umgewandelt.

 Die Gemeinde Menden-Raadt, auch in den sechziger Jahren selbständig geworden, feierte Gottesdienst in der 1965 in Raadt erbauten Christuskirche.

Auch dieses Kirchengebäude wurde 2015 außer Dienst gestellt und abgerissen. An seiner Stelle entsteht zurzeit (2026) eine große Kindertageseinrichtung und Häuser für betreutes Wohnen für junge Menschen mit Behinderungen.

In Menden war das Haus Jugendgroschen an der Hahnenfähre Gottesdienststätte bis  2012. Das Haus Jugendgroschen wurde 1953 eröffnet und als Kirche und Jugendfreizeitheim genutzt. Nach der Außerdienststellung war es ab 2015 einige Jahre Unterkunft für geflüchtete Menschen und später Standort der Junior-Uni.

 Die Kirche an der Calvinstraße in Broich
„Die zunehmende Besiedlung Oberbroichs hat das neue Gemeindezentrum notwendig gemacht. Es wird einer Gemeinde von etwa 10 000 Seelen dienen", sagte Pastor Ziegler der NRZ. Das alte Zentrum an der Wilhelminenstraße solle einerseits entlastet werden, andererseits werde deshalb gebaut, um in der Mitte der beiden Nachbarzentren, Christuskirche (Saarn) und Zentrum Speldorf-Süd, einen neuen Schwerpunkt zu bekommen. „Wir wandern der Gemeinde sozusagen nach", erklärte Pastor Ziegler. – So stand es am 16. Oktober 1963 in der Neuen Ruhr Zeitung.
Die Bauarbeiten an der Thusneldastraße – später hieß das Teilstück Calvinstraße – waren da in vollem Gange: Kirche, Gemeindehaus, Pfarrhaus, Küsterwohnung und Kindergarten standen im Rohbau. Schließlich übergab der Rheinische Präses Beckmann am Palmsonntag 1965 nach einer Planungs- und Bauphase von 13 Jahren das Gebäude der Gemeinde. Weitere drei Jahre dauerte es, bis die Orgel hinzukam, und das letzte der vier Kanzelbehänge wurde im Jahr 2000 angeschafft.
Drei Jahre später fasste das Broicher Presbyterium den Beschluss, den Gemeindestandort zum 31. Dezember 2005 aufzugeben. Drei Monate später war das Objekt verkauft. Kindergarten und Pfarrhaus blieben. Die Gründe für die Neukonzeption der Gemeindearbeit lagen im Rückgang der Mitgliederzahlen durch den demografischen Wandel und Kirchenaustritte, wodurch die Finanzierung des Standorts Calvinstraße zunehmend schwierig wurde. Die Räumlichkeiten an der Wilhelminenstraße – zeitweise ergänzt durch den „Treffpunkt Gemeinde“ in der Broicher Mitte – reichten für die Gemeindearbeit aus. Nach 40 Jahren war die „Calvinstraße“ Geschichte.

Die Christuskirche in Saarn
1959 verkündete das damalige Saarner Presbyterium in einer Festschrift dankbar die Einweihung der Christuskirche. Saarn war zu einem stark bevölkerten Vorort Mülheims geworden, viele Bauernhöfe dem Bau von Wohnhäusern gewichen. Die neu entstandenen Siedlungen, in denen Alteingesessene und aus dem Osten Vertriebene ein neues Zuhause gefunden hatten und in guter Gemeinschaft zusammenlebten, fehlte die kirchliche Nahversorgung. So war zunächst das Gemeindehaus Lindenhof erbaut worden, auf dessen benachbartem Grünstück 1958 der Grundstein zum Bau der Kirche gelegt werden konnte. Ein reges Gemeindeleben füllte Kirche und Gemeindehaus über viele Jahrzehnte. Anlässlich des 50jährigen Bestehens, erschien 2009 eine weitere Festschrift. Aus finanziellen Gründen und vor dem Hintergrund stark rückläufiger Gemeindegliederzahlen entschied sich das Saarner Presbyterium schweren Herzens dazu, die Kirche am 31. Mai 2015 als Predigtstätte aufzugeben.